Управление РСО "Агроконтроль" осуществляют Общее собрание членов Союза, Наблюдательный совет, Президент, Исполнительный директор.

Общее собрание

Общее собрание членов Союза является высшим органом управления Союзом.
К исключительной компетенции Общего собрания членов Союза относится:

• внесение изменений в Устав Союза;
• определение приоритетных направлений деятельности Союза, принципов формирования и использования его имущества;
• избрание членов Наблюдательного совета Союза и досрочное прекращение их полномочий;
• назначение Президента и Исполнительного директора и досрочное прекращение их полномочий;
• утверждение мер дисциплинарного воздействия, порядка и оснований их применения, порядка рассмотрения дел о нарушении членами Союза требований, стандартов и правил Союза, условий членства в Союзе;
• разработка и утверждение положений и правил Союза и кодекса профессиональной этики ревизоров-консультантов;
• утверждение отчёта Наблюдательного совета и Президента Союза;
• утверждение сметы Союза и внесение в неё изменений;
• утверждение годового отчёта и годового бухгалтерского баланса, отчёта об исполнении сметы доходов и расходов Союза;
• рассмотрение жалобы члена Союза на его исключение из Союза и принятие решения по такой жалобе;
• принятие решения о добровольном исключении сведений о Союзе из государственного реестра саморегулируемых организаций;
• реорганизация и ликвидация Союза, назначение ликвидатора и ликвидационной комиссии.

Наблюдательный совет

Персональный состав:

Петриков Александр Васильевич, Директор ВИАПИ им. А.А. Никонова, Председатель;
Разуков Николай Григорьевич, Ревизионный союз сельскохозяйственных кооперативов Республики Мордовия, Пензенской, Самарской и Саратовской областей «Ревизия-Приволжье», исполнительный директор; 
Байкова Елена Викторовна, Ревизионный союз сельскохозяйственных кооперативов Республики Башкортостан "БАРС", председатель Наблюдательного совета;
Коломкина Марина Владимировна, Самарский областной ревизионный союз сельскохозяйственных кооперативов "Средняя Волга", председатель Наблюдательного совета;
Якшигулов Александр Михайлович, Смоленский областной ревизионный союз сельскохозяйственных кооперативов, исполнительный директор;
Павлова Антонина Александровна, Ассоциация (союз) «Областной ревизионный союз сельскохозяйственных кооперативов «Волгоградский», исполнительный директор;
Полунина Екатерина Константиновна, Ревизионный союз сельскохозяйственных кооперативов Орловской области «Консалтинг и Аудит», исполнительный директор;
Сальникова Оксана Вячеславовна, Ревизионный союз сельскохозяйственных кооперативов Агинского Бурятского автономного округа «Единство», исполнительный директор;
Рогожникова Татьяна Эдуардовна, Ревизионный союз сельскохозяйственных кооперативов Уральского региона "Уралагроревсоюз", Исполнительный директор.

Наблюдательный совет является постоянно действующим коллегиальным органом управления Союза и состоит не менее чем из восьми человек, избираемых Общим собранием членов Союза сроком на три года. Членами Наблюдательного совета могут быть члены наблюдательных советов ревизионных союзов, руководители членов Союза, лица, имеющие значительный опыт и знания в области аудиторской и ревизионной деятельности, представители организаций, занимающихся проблемами сельского хозяйства и вопросами его развития, иные лица, обладающие необходимым опытом и знаниями в области сельскохозяйственной кооперации. Не менее трех четвертей числа членов Наблюдательного совета Союза должны составлять представители членов Союза.
К компетенции Наблюдательного совета относится:

• избрание Председателя Наблюдательного совета Союза;
• утверждение внутренних документов (положений) Союза;
• предварительное рассмотрение сметы доходов и расходов Союза;
• созыв Общего собрания членов Союза, утверждение его повестки;
• создание филиалов и открытие представительств Союза;
• участие Союза в других организациях;
• принятие решения о приеме новых членов в Союз;
• принятие решения об исключении из членов Союза;
• определение и утверждение фондов Союза, их размеров и условий формирования и использования;
• установление видов, размеров и порядка внесения вступительных, членских и иных взносов членов Союза;
• отчуждение имущества Союза;
• определение условий трудового договора с Президентом;
• проведение ревизии финансово-хозяйственной деятельности Союза;
• одобрение сделок Союза, имеющих признаки конфликта интересов в соответствии со ст. 27 Федерального закона «О некоммерческих организациях»;
• решение других вопросов, отнесенных к компетенции Наблюдательного совета законодательством, настоящим Уставом и/или решениями Общего собрания членов Союза.

Президент

Единоличным исполнительным органом Союза является Президент. Президент назначается Общим собранием членов Союза сроком на три года и осуществляет свои обязанности согласно трудового договора, заключаемого с ним от имени Союза Председателем Наблюдательного совета. Трудовой договор с Президентом может быть расторгнут по инициативе Союза по решению Общего собрания членов Союза.
Президент подотчетен Общему собранию членов Союза и Наблюдательному совету, руководит текущей деятельностью Союза и решает все вопросы, которые не составляют исключительную компетенцию Общего собрания членов Союза, Наблюдательного совета, компетенцию Советов и Председателя Наблюдательного совета Союза, определенную настоящим Уставом.
Президент представляет Союз без доверенности в органах государственной власти, органах местного самоуправления и организациях, и имеет следующие полномочия:

• организует выполнение решений Общего собрания членов Союза и Наблюдательного совета;
• открывает счета Союза в банках и других кредитных организациях;
• распоряжается имуществом Союза и денежными средствами в пределах сметы и своих полномочий;
• подписывает от имени Союза платежные документы, заключает договоры и совершает сделки от имени Союза;
• сделки, которые в соответствии с законодательством и настоящим Уставом подлежат обязательному одобрению Наблюдательным советом или Общим собранием членов Союза, совершает после получения такого одобрения;
• осуществляет контроль за своевременным внесением членами Союза установленных обязательных платежей и взносов;
• осуществляет прием и увольнение работников Союза, организует их работу, издает обязательные для исполнения членами и работниками Союза приказы и распоряжения, представляет отчеты об их исполнении;
• хранит печать, учредительные, финансовые, бухгалтерские и иные документы Союза.

Президент без доверенности действует на основании решений Общего собрания членов Союза и Наблюдательного совета по вопросам, отнесенным к компетенции этих органов.

Президентом Союза решением Общего собрания членов от 29.03.2019 г. избран Морозов Андрей Валерьевич

Исполнительный директор

Исполнительный директор назначается Общим собранием членов Союза сроком на три года и осуществляет свои обязанности согласно трудового договора, заключаемого с ним от имени Союза Председателем Наблюдательного совета. Трудовой договор с Исполнительным директором может быть расторгнут по инициативе Союза по решению Общего собрания членов Союза.
Исполнительный директор действует от имени Союза без доверенности и имеет следующие полномочия:

• осуществляет прием заявлений о вступлении в члены Союза или выходе из членов Союза;
• составляет проект сметы и отчеты о финансово-хозяйственной деятельности Союза, представляет их на утверждение Наблюдательному совету;
• подготавливает документы и материалы для Наблюдательного совета, обеспечивает проведение его заседаний.

На Исполнительного директора Приказом Президента Союза может быть возложено выполнение функций главного бухгалтера Союза.

Исполнительным директором Союза решением Общего собрания членов от 29.03.2019 г. избрана Явкина Галина Ивановна